En 1424 a eu lieu la donation définitive d’Alfauir et Rafalet de Bonamira, des fiefs qui, avec de nombreuses autres donations, avaient été légués par Alphonse le Vieux dans son testament.
À ces fiefs se sont ajoutés celui d’Orriols, provenant de l’héritage de Pere Orriols en 1475, et celui de Tavernes Blanques, acquis en 1515.
Au cours du XVIe siècle, Saint Jérôme a bénéficié de la protection des Ducs de Gandie, les Borgia, la Duchesse María Enríquez étant la principale protectrice du monastère.
À la fin de ce siècle, en 1586, le Roi Philippe II (Felipe II) y a effectué une visite de plusieurs jours, accompagné de l’héritier et de sa chère fille Isabelle Claire Eugénie. Une nouvelle visite royale s’est déroulée à l’occasion du mariage de Philippe III avec la Reine Marguerite.
Ces visites sont le fidèle reflet de la protection offerte par les monarques à l’ordre hiéronymite, dès le départ, en particulier la dynastie d’Autriche.
Précédemment, les rois d’Aragon ont également privilégié l’ordre et Saint Jérôme de Cotalba, Martin I dit l’Humain et Ferdinand le Catholique ont effectué de nombreuses donations et accordé des exonérations de taxes.
Au fil du XVIIe siècle et tout particulièrement au cours du siècle suivant, un relâchement au niveau des coutumes des membres de la communauté a été observé, qui a débouché sur la réforme du gouvernement du monastère, en 1743.
Un fait singulier est survenu en 1751, lorsque les moines, atteints par une épidémie, s’en sont remis à la Vierge de la Santé d’Onil, qu’ils ont fait transporter jusqu’au propre monastère. L’intercession de la Vierge a été si décisive pour la guérison des moines que ceux-ci ont décidé de lui construire une chapelle et cette Vierge est devenue la patronne de Rótova.
Cette crise morale et spirituelle est le reflet de la crise générale dont a souffert le monastère au XVIIIe siècle. En dépit des progrès architecturaux, la situation économique n’est pas aussi prospère que l’on pourrait s’y attendre et il a fallu avoir recours à des baux et des prémices.
La crise du dix-huitième siècle a touché tous les domaines monastiques, depuis la chute économique jusqu’à l’appareil idéologique qui maintenait le statu quo avec la société.