En 1424 es produïx la donació definitiva d’Alfauir i Rafalet de Bonamira, senyorius que, junt amb moltes altres donacions, havien sigut llegats per Alfons el Vell en el seu testament.
A estos senyorius s’afegiran el d’Orriols, provinent de l’herència de Pere Orriols en 1475, i el de Tavernes Blanques, adquirit en 1515.
Durant el segle XVI, Sant Jeroni contarà amb la protecció dels ducs de Gandia, els Borja, sent la duquesa Maria Enríquez la principal protectora del monasteri.
A finals d’este segle, en 1586, el rei Felip II realitza una visita d’uns quants dies acompanyat per l’hereu i per la seua volguda filla Isabel Clara Eugènia. Una nova visita real es produïx amb motiu de l’enllaç de Felip III amb la reina Margarita.
Estes visites són fidel reflex de la protecció que els monarques van brindar a l’orde jerònima des dels seus inicis, especialment la dinastia dels Àustries.
Anteriorment, també els reis d’Aragó van afavorir a l’orde i a Sant Jeroni de Cotalba, perquè Martí l’Humà i Ferran el Catòlic, van realitzar numeroses donacions i exempcions d’imposts.
A lo llarg del segle XVII, i molt especialment en el transcurs de la centúria següent, s’observa una relaxació de les costums entre els membres de la comunitat; que desemboca en la reforma del govern del monasteri en 1743.
Un fet singular succeïx en 1751, quan, afligits els monjos per una epidèmia, s’encomanen a la Mare de Déu de la Salut d’Onil, a la que fan transportar fins al mateix monasteri. Tan decisiva en la curació és la intercessió de la Mare de Déu per als monjos, que li van construir una capella i esta advocació de Maria es va convertir en la patrona de Ròtova.
Esta crisis moral i espiritual és reflex de la crisi general que patix el monasteri en el segle XVIII. A pesar de les millores arquitectòniques, la situació econòmica no és tan pròspera com cabria esperar i es recorre a l’arrendament de censos i primícies.
La crisi del segle díhuit afecta a tots els àmbits monàstics, des del decaïment econòmic fins a l’aparell ideològic que mantenia el statu quo dins de la societat.