En 1424 se produce la donación definitiva de Alfauir y Rafalet de Bonamira, señoríos que, junto con muchas otras donaciones, habían sido legados por Alfons el Vell en su testamento.
A estos señoríos se añadirán el de Orriols, proveniente de la herencia de Pere Orriols en 1475, y el de Tavernes Blanques, adquirido en 1515.
Durante el siglo XVI, San Jerónimo contará con la protección de los duques de Gandia, los Borja, siendo la duquesa María Enríquez la principal protectora del monasterio.
A finales de este siglo, en 1586, el rey Felipe II realiza una visita de varios días acompañado por el heredero y por su querida hija Isabel Clara Eugenia. Una nueva visita real se produce con motivo del enlace de Felipe III con la reina Margarita.
Estas visitas son fiel reflejo de la protección que los monarcas brindaron a la orden jerónima desde sus inicios, especialmente la dinastía de los Austrias.
Anteriormente, también los reyes de Aragón favorecieron a la orden y a San Jerónimo de Cotalba, pues Martín el Humano y Fernando el Católico, realizaron numerosas donaciones y exenciones de impuestos.
A lo largo del siglo XVII, y muy especialmente en el transcurso de la centuria siguiente, se observa una relajación de costumbres entre los miembros de la comunidad; que desemboca en la reforma del gobierno del monasterio en 1743.
Un hecho singular sucede en 1751, cuando, aquejados los monjes por una epidemia, se encomiendan a la Virgen de la Salud de Onil, a la que hacen transportar hasta el mismo monasterio. Tan decisiva en la curación es la intercesión de la virgen para los monjes, que le construyeron una capilla y esta advocación de María se convirtió en la patrona de Rótova.
Esta crisis moral y espiritual es reflejo de la crisis general que sufre el monasterio en el siglo XVIII. A pesar de las mejoras arquitectónicas, la situación económica no es tan próspera como cabría esperar y se recurre al arriendo de censos y primicias.
La crisis dieciochesca afecta a todos los ámbitos monásticos, desde el decaimiento económico hasta el aparato ideológico que mantenía el statu quo con la sociedad.
